4日にナイジェリアとのリオ五輪初戦を控えるU-23日本代表。当初の予定では久保も出場するはずだった。だが所属クラブのBSCヤングボーイズは、「久保を3日のUEFAチャンピオンズリーグ（CL)予選で使いたい。3日の試合が終わるまでは派遣を確約できない」と招集に難色を示した。
オリンピックにはFIFAワールドカップと違い選手の派遣義務がないため、代表よりもクラブの判断が優先される。初戦の登録メンバー変更期限が迫るなか、日本サッカー協会と手倉森誠監督は苦渋の決断を下した。
久保は公式サイトを更新して、「日本代表として五輪に出場出来る可能性があったことを大変光栄に思いますし、応援してくれる皆様に歓喜の瞬間を届けられるよう全力で戦う準備を整えていましたが、所属クラブ・ヤングボーイズの意向に従うことになりました」と不参加が正式に決定したことを報告している。
リオ五輪への参加を辞退することになりました https://t.co/Awz2hXDZJA
— KUBO YUYA / 久保裕也 (@k15189312431y) 2016年8月3日
久保のオリンピック欠場にファンからは、「久保がかわいそう。出たかったろうな」「A代表の大会じゃないとはいえ、国際的な大会でクラブの言い分が通るのはやはり納得できない」「招集は義務ではないとなっている以上、仕方ない。久保はクラブで頑張れ。武蔵頼むぞ」「正直大人の事情に振り回されたな。無念だろうがクラブで活躍してA代表入りを目指せ」などの声が寄せられている。
